La historia del origen continúa en la tercera temporada. Hay mucho más en juego ahora que entran en escena supervillanos más ambiciosos y depravados. Y un realineamiento de alianzas va a sacudir la pelea por el poder en Gotham City. Con los prófugos de Indian Hill sueltos, Jim Gordon debe tomar cartas en el asunto como cazador de recompensas de la ciudad. Se propone encontrar a Hugo Strange, el autor intelectual detrás de los horrendos experimentos de Indian Hill, y Fish Mooney, cobayo de Strange. Mientras tanto, el detective de policÃa Harvey Bullock y el capitán Nathaniel Barnes se mantienen al frente de la pelea contra el crimen en una ciudad plagada de monstruos. También Bruce Wayne, con ayuda de su mayordomo de confianza y mentor, Alfred Pennyworth, y el exempleado de Wayne Enterprises, Lucius Fox, se dará cuenta de que todavÃa hay más secretos por descubrir acerca del asesinato de sus padres, cuando se corra la cortina para develar a la famosa organización criminal conocida como La Corte de los Búhos.